La baie est une zone très productive et supporte une très grande diversité de mammifères marins: 11 espèces de cétacés sont vues régulièrement, 6 occasionnelles et 11 au moins 1 fois.
Les baleines peuvent être observées toute l'année avec deux pics d'activité: la fin du printemps, l'été et l'automne pour le rorqual bleu, la baleine à bosse, les orques et plusieurs espèces de dauphins; l'hiver et le début du printemps pour la baleine grise, les orques et les dauphins.
La baie est marquée par son canyon qui la coupe en deux. C'est le plus large et profond canyon sous-marin de la côte pacifique d'Amérique du Nord. Le canyon commence très près des côtes, il est profond (3000m) et très long (100km). Cela rend l'observation des espèces d'eau profonde vite accessible.
Le Monterey Bay National Marine Sanctuary a été créé en 1992 pour protéger la faune marine (15.000km2). La faune y est très diversifiée : 180 espèces d'oiseaux marins, 525 de poissons et une très grande forêt de kelp où l'on retrouve les loutres de mer.
Monterey, Moss Landing et Santa Cruz. Observation côtière: Pigeon Point Lighthouse, Davenport, Point Pinos, Point Lobos, Point Sur Lighthouse.
