Le rorqual bleu fréquente les eaux froides et profondes, dans des secteurs où le brassage des eaux de surface (fronts thermiques, upwellings ou remontées d’eau froide) augmente la productivité et l’agrégation des proies. C’est un résidant saisonnier estival du golfe et de l’estuaire où son abondance est maximale en août et septembre. Il peut être observé parfois très près des côtes.

Les plus grandes concentrations sont observées au large de Sept-Îles et le long de la côte nord de l'estuaire entre Pointe-des-Monts et Grandes-Bergeronnes. Une autre zone intéressante se situe à l'Est de la péninsule de Gaspé entre Cloridorme et Percé.